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開業医や医療法人に認められている所得税や法人税の優遇税制が見直されることになりそうです。

（毎日新聞：2011年11月17日）

政府税調：医師優遇税制見直し　大綱で盛り込み目指す

政府税制調査会（会長・安住淳財務相）は１６日、医師や病院などの税制優遇措置を縮小・廃止する検討に入った。
所得税や法人税の納付額を算出する際、実際の経費以上の額を経費として認めるケースが多く、会計検査院から改善を求められていた。

厚生労働省は見直しに慎重で、１２年度税制改正で具体的な縮小・廃止にまで踏み込むのは難しいが、政府税調では１２月にまとめる１２年度の税制改正大綱で将来の見直しの方向性を盛り込みたい考えだ。
【小倉祥徳】

優遇措置は、年間の診療報酬（保険診療の対象分）が５０００万円以下の小規模な開業医や医療法人が対象。
「納税事務が多いと、医療業務に支障が生じかねない」との理由から、実際にかかった経費の代わりに、診療報酬に応じて５７～７２％を「概算経費」とみなすことができる制度が採用されている。
診療報酬から経費を差し引いた額が、開業医の所得税や医療法人の法人税の課税対象の所得（課税所得）となるが、実際の経費をもとに納税することも可能だ。

しかし、会計検査院が全国５４税務署を通じて調査したところ
（１）概算経費率（平均７０．４％）と実際の経費率（同５１．５％）の差が大きい
（２）適用者の多くが実際に経費を計算したうえで、概算経費と比べて有利な方を選択している
（３）健康保険の対象でない高額な自由診療で所得を得ているのに、特例の適用を受けているケースがある
など問題点が判明。
改善を求めた。

復興増税や社会保障改革に伴う消費税引き上げなどで国民負担増を求める中、政府税調内では「節税に使われるのは問題」との声も強く、１２年度税制改正大綱で「今後の課題」として見直しの方向性を示すことを検討する。